石涛的山水画，如按年代讲，还有早、中、晚的变化：
早期，从16-38岁（1657-1679年），为石涛读书、游历和求艺的奠基时期。此时他从武昌沿江东下，饱览江南名胜，不仅开阔了眼界，而且为创作积累了取之不尽、用之不竭的素材。这一时期的代表作品有故宫博物院藏《山水图》册，纸本，墨笔，共十开，描写安徽黄山一带风光，笔法清新秀逸，渴笔干墨处似程邃。其中一开仿米芾、高克恭，其他各开多法倪瓒和黄公望。一开最早纪年“丁末”（1667年），石涛时年26岁，为初创阶段之作。又如他绘《山水人物图》卷（故宫藏），根据画中自题，分别作于公元1664、1668、1677年，即从23-36岁时之作，历时13年之久（中间肯定有停作之时）。全卷共分五段，分别绘石户农、披蓑翁、湘中老人、铁脚道人和雪庵和尚等。画风工细秀逸，稚嫩之气流于画面，是一幅代表石涛个性特征的早期佳作。
中期，从39-50岁（1680-1691年）为石涛绘画蜕变期，此时创作有三种风貌：其一，与宣城时创作较接近，即多用乾笔枯墨，画风恬澹。其二，水墨淋漓、汪洋恣肆的画风，如作于44岁的《泼墨山水图》卷等。其三，风貌较为细致，勾线细润，皴擦极少，俗称“细笔石涛”。画风从新安画派化出，又从黄山的实景中吸取营养，形成笔墨老到精练，气势磅礴的艺术格调。代表作品有46岁（1687年）作《细雨求松图》和《搜尽奇峰打草稿图》（故宫藏）等。
晚期，从51-66岁去世（1692-1707年），是他的绘画创作高峰期。所画山水，笔法恣纵，淋漓痛快，粗犷处浓墨大点。纵横恣肆如急电惊雷；细微处慎密严谨，定无虚下。他敢于突破前人的陈法，如用赭代墨皴擦山石，用石绿作米点，用藤黄、胭脂作杂点描绘灼灼的桃花，都是前人从未用过的方法。这些特色为鉴定石涛的画提供了风格依据。代表作品故宫藏《清湘书画稿图》卷、《采石图》轴、《横塘曳履图》轴、《云山图》轴等。
石涛的山水画构图，新颖多样，出奇制胜，极尽含蓄隐现之妙。如他画的《云山图》（故宫藏）打破了一层地、二层树、三层山的“三叠式”和“景在下，山在上，云在中”的“两段式”构图俗套，而是用“截取法”从中间局部取景。图中只见弥漫的云山，不见山脚，而山顶也似露非露隐约其中，突出了烟云的气势。他又善于采用一水两岸式的自然分疆法，使画面有动有静，虚实结合，意趣无穷。有时他也用“之”字形的全景式构图。从石涛的观点看来，构图不光是经营位置的形式问题，而且包含了作品意境。
石涛的山水画，墨色很讲究。用色则朱砂、赭石、花青并施。和墨则湿、干、淡、浓兼有，用浓墨湿笔画梅、竹、荷花等，“野气”十足。
总之，石涛的画，笔法灵活多样，恣肆大胆，构图新奇，意境深邃，体现出很高的艺术造诣。与此相反，伪作的石涛山水画则运笔轻飘，笔墨粗俗，赋色污浊，间或出现“皮匠刀”丑态，甚至把作假者的用笔习惯带到画中来，从而为鉴定石涛的画提供了许多可靠依据。
